Giá trị văn hóa của chùa Nhất Trụ trong quần thể di tích cố đô Hoa Lư được thể hiện ở câu đối:

Dịch là: Thắng cảnh Tràng An kinh đô gốc/Danh lam Nhất Trụ dấu Phật còn.

Ở kinh đô Thăng Long sau này, người cháu ngoại của Vua Lê Đại Hành là Lý Thái Tông cũng cho xây dựng chùa Một Cột, có nhiều nét kiến trúc tương đồng với chùa Nhất Trụ ở cố đô Hoa Lư.

Lễ hội chùa Nhất Trụ cùng với 8 ngôi chùa cổ khác ở cố đô Hoa Lư, xã Trường Yên diễn ra dịp lễ hội Trường Yên đầu tháng 3 âm lịch hàng năm.

Hàng năm, vào ngày 15 tháng Giêng, tại chùa diễn ra lễ khao tống thuyền rồng, đây là lễ cúng Phật cầu nguyện cho quốc thái dân an. Đêm nguyên tiêu có hội thơ tưởng nhớ thiền sư Đỗ Pháp Thuận. Ngày 8 tháng 4 âm lịch có lễ lập hạ tại chùa, cầu thời tiết thuận hoà, mùa màng tốt tươi.[3]